ATCC 菌种库采用多种专业保藏技术确保菌种的活性和稳定性。其中,冷冻干燥保存法是先将微生物冷冻,然后利用升华现象除去水分,使细胞的生理活动停止,从而达到长期维持生命状态的目的,该方法适用于绝大多数微生物菌种,包括噬菌体和立克次氏体等。液氮低温冻存也是常用方法之一,能将菌种保存在极低温度下,延长其保存时间。此外,还有传代保存法,对于一些不能采用冷冻干燥等方法的菌种,通过定期转接、培养来保存,但这种方法存在一些缺点,如菌种管棉塞容易发霉、菌株遗传性状易变异、反复传代后病原性和形成生理活性物质的能力降低、需要定期转种工作量大且杂菌污染机会较多。液体石蜡覆盖保存法可防止干燥,通过限制氧的供给削弱微生物代谢作用,适用于霉菌、酵母菌、放线菌及需氧细菌等的保存,但某些细菌和真菌不宜采用此法。悬液保存法是将微生物混悬于适当溶液中进行保存,包括蒸馏水保存法、糖液保存法等,适用于霉菌、酵母菌及绝大部分放线菌等。